Según la representación diplomática estadounidense, los objetivos del encuentro son "fomentar las relaciones personales entre los jefes de Defensa, impulsar un diálogo abierto frente a los retos que se enfrentan en la región y mejorar la cooperación entre los países que estarán presentes".

El Comando Sur busca, en esta Conferencia, enfrentar las múltiples situaciones conflictivas que existen en la región trazando una línea directa con sus mandos militares, para así dar inicio formalmente al Plan Patriota-Andino (2006-2010).

El gobierno de Palacio se queja de la llamada "persecución en caliente" que habría comenzado a realizar el Ejército colombiano en la frontera norte de Ecuador (Plan Patriota-Operación Galeras), en el contexto de la guerra con la insurgencia colombiana.

Por otra parte, Chile tiene una controversia con Perú por una nueva delimitación marítima peruana que el país austral considera una violación a su soberanía territorial y Ecuador sigue con atención esa discusión. Ecuador y Perú han tenido hace pocos años guerras fronterizas.

Además, las Fuerzas Armadas de Perú y Ecuador tienen los ojos puestos en el destino de Fujimori y Gutiérrez, ambos presos pero anunciando que volverán al poder. Esta semana debe decidirse el Tratado de Libre Comercio entre EEUU y Ecuador. Si el acuerdo se consuma, la Confederación de Nacionalidades Indígenas de Ecuador (Conaie) calificará a Palacio de traidor a la patria y comenzará movilizaciones para exigir su renuncia.

La Conaie se opone igualmente al Plan Colombia, exige la retirada de tropas estadounidenses de la Base de Manta y plantea la expulsión de las transnacionales petroleras de la región amazónica.

En Colombia la movilización indígena se ha dirigido hacia la toma de haciendas en el suroccidente del país. En Bolivia el centro de la agitación es electoral. Pero sus dirigentes, Evo Morales y Felipe Quispe, han anunciado acciones radicales que sostendrán con o sin el triunfo electoral. Esas medidas van desde impulsar un programa nacionalista que pasa por "refundar" la República (Morales), hasta "reconstituir" la nación indígena del Qullasuyo, que incluso borraría el nombre de Bolivia (Quispe).

El gran problema del Comando Sur es Venezuela. Mientras el Plan Andino pasa por el combate conjunto (Ejércitos de la región) contra el narcotráfico y la guerrilla, el gobierno de Hugo Chávez ha proclamado su neutralidad frente al escenario de guerra colombiano y defiende su soberanía para ejecutar acciones antidrogas.

Por otra parte, la hipótesis bélica principal de la FAN venezolana es la de una guerra asimétrica frente a una posible invasión estadounidense o contra una extensión regional del Plan Colombia (Plan Patriota-Andino) que afecte a la revolución bolivariana. A su vez, el Comando Sur considera el "populismo radical" de Chávez como una "amenaza emergente" regional.

La V Conferencia de Jefes Militares de los Países Andinos será asimétrica.